Главная героиня сериала — доктор Темперанс Бреннан (Эмили Дешанель), блестящий судебный антрополог работает на ФБР, а в свободное время пишет романы. Темперанс владеет особым методом идентификации останков, что позволяет ей докапываться до истины и раскрывать преступления даже тогда, когда обычные методы криминалистики уже не действуют. В буквальном смысле слова она находит «ключи» к преступлениям в костях жертвы. Именно поэтому, возможно, ее часто привлекают к расследованию нераскрытых дел или дел с большим сроком давности.

Очень часто Темперанс приходится работать в паре со специальным агентом того же бюро Сили Бутом из отдела по расследованию убийств (Дэвид Бореаназ). Бут, бывший армейский снайпер, весьма скептический относится и к науке, и к ее представителям, презрительно называя их «очкарики». Его точка зрения на раскрытие преступлений весьма проста: узнать правду можно лишь используя старомодные методы ведения дел, т.е. «работая» с теми, кто жив, — свидетелями и подозреваемыми. Столкновение личных и профессиональных интересов героев сериала «Кости» проходит центральной темой во всех сериях.

«Кости» относится к тем сериалам, в которых очень реалистично, но в тоже время с большой долей юмора показывается работа полиции и ведение следствия.